Si los arañazos no son muy profundos, te sugiero utilices una lija fina para madera y los lijes siguiendo el sentido de la veta. Luego debes retirar todo el polvillo, pasar un trapo húmedo y, cuando seque (como dices que está encerado y no plastificado), sólo deberás reponer la cera en esos sectores.
Si te quedara muy clara la zona donde estaban los arañazos puedes pasarle previo a la cera alguna tintura para madera para emparejar el color, algún betún para zapatos similar o utilizar una cera de piso con color.
Si los arañazos fueran más profundos y no pudieran quitarse con un simple lijado, te sugiero hagas una pasta consistente pero maleable de aserrín y cola vinílica, con la que deberás rellenar las marcas, valiéndote de una espátula de metal.
Puedes también utilizar una tintura para madera para hacer la pasta del color más similar al piso (pero ten presente para dosificarla, que al secarse siempre queda más oscura)
Si haces el trabajo prolijo, cualquier excedente superficial lo puedes retirar con una esponja húmeda y los arañazos no se notarán. Caso contrario, deberás alisar la superficie con una lija fina y seguir el procedimiento que antes te comenté.
Espero te sirva
Saludos